Kostel sv. Jáchyma byl postaven v letech 1534–1540 jako první luteránský (protestanský) kostel v Čechách. Po bitvě na Bílé hoře byl uzavřen a následně vysvěcen jako katolický kostel. Výrazně do jeho podoby promluvil ničivý požár z konce 19. století.
Vnitřní vybavení kostela v Jáchymově bylo instalováno v letech 1542-1573, a po bitvě na Bílé hoře byl kostel uzavřen a v roce 1624 vysvěcen jako katolický.
V roce 1873 zasáhl kostel ničivý požár, který zničil veškeré vnitřní vybavení, včetně vzácného křídlového oltáře od Lucase Cranacha z roku 1545. Požár nenávratně změnil původní podobu kostela, který byl následně přestavěn podle návrhu slavného stavitele Josefa Mockera v letech 1874 – 1876. Původní zdivo, včetně unikátních portálů, se však dochovalo. Po rozsáhlé rekonstrukci byl kostel v roce 1992 znovu vysvěcen a obohacen o nové zvony. Interiér nyní zdobí umělecké předměty, včetně poutní sochy Panny Marie z bývalého kapucínského kláštera na Mariánské.
Kostel sv. Jáchyma je otevřen při mších v neděli od 10:00 hod a ve středu od 16:00 hod.