Prosklený prostor plný světla, který byl k nádraží dostaven v roce 1861, byl zrekonstruován s co největším ohledem na původní podobu. Rekonstruována tak byla střecha, základy sloupů, odvodnění celé haly a kanalizace. Rekonstrukce celého Masarykova nádraží však opravou dvorany teprve začala. Pokračovat se bude rekonstrukcí zbytku výpravní budovy. Na nádraží budou po dokončení rekonstrukce i moderní obchody.
Masarykovo nádraží je nejstarší dochovaná železniční stanice v Praze. Historie stanice byla ovšem velmi pohnutá, prošlo jednou významnou rekonstrukcí, kterou však zakončily prudké boje na konci druhé světové války, při kterých byla část stanice zničena. Jeho dějiny také reflektují politické dějiny Československa a Česka, nádraží za 166 let své existence vystřídalo pět různých názvů, přitom hned třikrát se jmenovala Masarykovo.