Kostel Matky Boží Na Náměti byl založen pravděpodobně na místě starší hornické kaple před rokem 1357. Stavba byla nejprve financována z výtěžku prodeje stříbrné rudy, která spadla při obchodování na zdejším rudném trhu z lavic na zem a byla nametena na hromadu a prodána.
Vedle kostela sv. Jakuba náleží kostel Matky Boží Na Náměti v Kutné Hoře k nejstarším kamenným svatyním (postaven byl ve 2. polovině 14. století), byť některé prvky mohou ukazovat i na dobu starší. Mnoho znaků z období vrcholné gotiky setřel požár v roce 1470. Po něm byla vystavěna nová věž a zaklenuta kostelní loď.
Při opravách byl vybaven i interiér, především pozdně gotickým sanktuáriem Matěje Rejska z roku 1504 a mimořádně hodnotnou kazatelnou. V Rejtově stavební huti ji po roce 1513 vytvořil Wendel Rosskopf a vdechl ji virtuózní technické zpracování i dramatickou dekorativnost. Pod baldachýny se nachází již poněkud méně hýřivé sochy církevních otců od jinak neznámého mistra Augustina. Roku 1735 nalezl v kostele P. Marie na Náměti poslední odpočinek významný malíř Petr Brandl, který poslední rok života trávil v Kutné Hoře.
Ke vzniku tohoto kostela se váže jedna z nejpůvabnějších místních pověstí, podle které v sousedství býval rudní trh a od nepaměti zde rudokupci vykupovali od těžařů stříbrnou rudu. Kousky rudy spadlé na zem byly nametány (odtud "Náměť"), schraňovány a z takto získaného stříbra zaplacena stavba kostela.