Kostel svatého Mikuláše byl založen plzeňským měšťanem Vítem Malířem na počátku 15. století a sloužil jako hřbitovní kostel.
Stavba byla situována na skalnatém ostrohu, který prudce spadá k
řece Radbuze, a která jej až do své regulace roku 1935 přímo obtékala. Patrně hned po Vítově smrti zakoupilo město pozemky kolem kostela za účelem zřídit zde hřbitov. Kolem roku 1740 došlo k barokizaci kostela.
Přilehlý hřbitov původně sloužil pro pohřbívání chudiny z okolí. Pohřbeny jsou zde ale i významné osobnosti, například
Josef Kajetán Tyl nebo
Emil Škoda. Kostel se otevírá při bohoslužbách.