Při stavbě byl využit modelový výzkum Fakulty stavební Českého vysokého učení technického. Díky němu bylo možno ještě před započetím stavby detailně prozkoumat její budoucí vliv na vodní cestu, a vyhnout se tak případným problémům při její realizaci i v následném provozu.
Pravidelnou lodní dopravu bude v
úseku České Budějovice – Hluboká nad Vltavou zajišťovat Českobritská plavební společnost. Má velkou výletní loď, kam se vejde okolo 90 lidí a dvě menší s kapacitou 20 a 30 lidí.
Vltavská vodní cesta je rozdělena do tří úseků. První je mezi Českými Budějovicemi a Hlubokou, má téměř devět kilometrů a bude zprovozněn jako první. Další úseky jsou Hluboká nad Vltavou – vodní dílo Hněvkovice a Hněvkovice – Týn nad Vltavou, které budou dokončeny zhruba v květnu 2013.
Vedle zvýšení turistického ruchu má vltavská cesta i protipovodňový význam. Prohloubeno, rozšířeno a vyčištěno bude 33 kilometrů řeky Vltavy. S budováním vltavské cesty se začalo v roce 2008.