Národní park Podyjí je ukázkou výjimečně zachovalého říčního údolí v bohatě zalesněné krajině jihozápadní Moravy. Vyskytuje se zde mnoho živočišných a rostlinných druhů. Hlavním činitelem je
řeka Dyje, která zde vytvořila
údolí s meandry, kamennými moři, rozsáhlými suťovými poli a nivními loukami a lesostepmi podél jejího toku. Mimořádná je vysoká rozmanitost fauny a flory na tak malé ploše. V expozici návštěvnického centra v Čížově je k vidění i kousek
železné opony.
Geologické podloží území je tvořeno metamorfovanými a vyvřelými horninami okraje Českého masívu. Horniny
metamorfované jsou zastoupeny v
západní a centrální části parku, podloží východní části parku je tvořeno pak horninami vyvřelými. Starší metamorfity (především ruly, svory a krystalické vápence) pocházejí z období
starohor a jejich stáří je přibližně
800 milionů let. Mladší vyvřeliny (horniny blízké žule) jsou rovněž starohorní, jejich stáří je odhadováno na přibližně 600 milionů let.
O hluboce zaříznutém údolí řeky
Dyje je možné s trochou nadsázky hovořit jako o říčním kaňonu. Nejhezčí pohledy do tohoto kaňonu se nachází z turistických
vyhlídek na horních hranách svahů, např. z Nového Hrádku,
Sealsfieldova kamene,
Králova stolce nebo rakouského Überstiegu. Rozsáhlé plochy kamenných či balvanových ploch či proudů tvoří na více místech tzv.
kamenná moře. Můžeme je vidět na více místech národního parku, zejména pod
Ledovými slujemi, při cestě z Papírny na
Sealsfieldův kámen nebo na území Rakouska.