Už v době válečných událostí se ve městě zabydlel jezuitský řád, který hned po ukončení bojů přikročil ke stavbě
kostela Nanebevzetí Panny Marie a jezuitské koleje na
Velkém náměstí. Kostel byl postaven v letech 1654-1666 a jeho autorem je
italský architekt Carlo Lurago.
Za zmínku jistě stojí i vnitřní výzdoba, která zahrnuje
nejstarší hradecké varhany, původní dřevěný oltář či obraz Glorifikace sv. Ignáce z Loyoly od
Petra Brandla.
V objektu bývalé jezuitské koleje sídlilo svého času
královéhradecké gymnázium, kde studovala a působila
řada známých osobností (Alois Jirásek, Josef Kajetán Tyl, Václav Kliment Klicpera a mnoho dalších).
Domky i palác královéhradeckého biskupství
Další rozsáhlejší objekty vznikaly pro potřeby královéhradeckého biskupství, které bylo zřízeno papežskou bulou v roce 1664. V tu dobu byl farní
kostel sv. Ducha povýšen na katedrálu, při níž byla zřízena
kapitula se šesti kanovníky. Jejich původně
gotické domy byly barokně upraveny a opatřeny zdobnými štíty, a proto dnes patří barevné
kanovnické domy mezi nejdůležitější barokní památky ve městě.
Tyto monumentální barokní stavby ze 17. a z počátku 18. století, především
biskupský palác na Velkém náměstí a areál biskupského semináře a
kostela sv. Jana Nepomuckého na místě bývalého královského hradu, výrazně
změnily nejen vnitřní podobu města, ale i jeho siluety. Barokní přestavba se týkala i
kaple sv. Klimenta, radnice a většiny měšťanských domů a veřejná prostranství byla ozdobena barokními plastikami, z nichž nejmonumentálnější bylo
morové sousoší se sochou Panny Marie ve středové části
Velkého náměstí.
Svatý Antonín v Novém Hradci
Mimo historické centrum je pak dominantním
kostel sv. Antonína na Novém Hradci Králové. Kostel postavený v pozdně barokní slohu v letech 1769-1772 hradeckým stavitelem F. Kermerem a tesařem J. Kroupou. Na místě dnešního barokního kostela stával
původně kostel gotický, stejného zasvěcení. Dnešní podoba barokního kostela byla výrazně ovlivněna při jeho poslední
generální rekonstrukci, která probíhala
v letech 1990-1991.