Bohuslav Balbín pocházel z měšťanské katolické rodiny a již v dětství projevoval značný zájem o historii. Už při studiích procestoval velkou část českých zemí: v devíti letech nastoupil do školy k
benediktinům v Broumově, pak pokračoval ve studiu na
jezuitských školách v Jičíně, Praze, Olomouci, Brně a Kladsku. V patnácti letech vstoupil do řádu, od roku 1639 studoval v
pražském Klementinu,
nejstarší jezuitské koleji v českých zemích. Za svou vlast dokonce prolil krev, a to za třicetileté války, když se studentskou legií bránil
Karlův most proti Švédům. Po získání bakalářského titulu v roce 1645 učil na jezuitských školách v
Praze a
Třeboni, v roce 1649 získal kněžské svěcení.
Pro jeho práci byla důležitá cesta, při níž na cestách po Čechách doprovázel
španělského jezuitu Rodriga Arriagu, který přijel do Prahy učit teologii. Mladý Balbín tak poznal známá, neznámá i pamětihodná místa českých zemí, navíc z knihoven a archivů získal řadu materiálů, které později využil ve své práci.
Své práce psal latinsky, avšak celé jeho dílo prostupuje
láska k vlasti, její kultuře a jazyku, a také zájem o vše české. Za své vlastenecké názory měl opakované konflikty nejenom s představiteli jezuitského řádu, ale – byť byl pravověrný katolík – i se zemskými úředníky. Vystřídal řadu míst, kde učil na jezuitských gymnáziích (
Český Krumlov, Jičín, Jindřichův Hradec), pro studenty napsal řadu učebnic i několik divadelních her pro praktickou výuku rétoriky. Psal také o
pramenech a
mariánských poutních místech, například o
Svaté Hoře u Příbrami a
Tuřanech u Brna. V knize
Svaté Čechy shromáždil zprávy o 134 českých světcích, blahoslavených a mučednících, během pobytu v
Brně se zajímal o prozkoumání
Moravského krasu a
jeskyní Křtinského údolí.
Když mu jezuité v roce 1661 z nejasných důvodů zakázali vyučovat, dostal Balbín za úkol sepsat
historii jezuitského řádu v Čechách. Dílo sice nedokončil, místo toho ale začal pracovat na
Rozmanitostech z historie Království českého (měl v plánu celkem 30 svazků) a v letech 1663 až 1666 při pobytu v
Klatovech sepsal
Obranu jazyka slovanského, zvláště českého / Dissertatio apologetica pro lingua Slavonica, praecipue Bohemica. Hájí v něm právo národů na vlastní jazyk, odsuzuje odrodilou šlechtu a nesouhlasí s vládní politikou, která odstraňuje český jazyk z úřadů, škol i kostelů. Dnes nejznámější Balbínův spis byl vydán teprve sto let po jeho smrti latinsky a anonymně, česky v plném znění vyšel teprve roku 1869.
Na sklonku života Balbín téměř oslepl a po několika záchvatech mrtvice mohl v práci pokračovat jen s pomocí písaře. Zemřel
28. listopadu 1688 v nedožitých 67 letech a je pochován v
kryptě kostela Nejsvětějšího Salvátora v areálu Klementina.
Ve městech, kde působil, po něm jsou pojmenovány ulice, jeho působení připomínají i
pamětní desky v Klementinu nebo v tuřanském kostele. K jeho odkazu se rovněž hlásí
Balbínova poetická strana, kterou v roce 2002 založila malá skupinka recesistů z vinohradské
Balbínovy poetické hospůdky.