Kostel na Malé Straně blízko Karlova mostu mezi ulicemi Saskou, Lázeňskou a Velkopřevorským náměstím, byl původně románskou bazilikou, kterou založil roku 1169 král Vladislav I. spolu s klášterem a špitálem řádu Maltézských rytířů (johanitů) jako první centrum tohoto rytířského řádu v Čechách.
Původní malou stavbu měla nahradit velkolepá raně gotická trojlodní bazilika k jejíž dostavě však bohužel nedošlo. Z tohoto období byl dostavěn pouze chór se sakristií a roku 1389 dvě hranolové věže. O významu kostela svědčí i to, že zde roku 1378 bylo před pohřbem vystaveno tělo mrtvého císaře Karla IV. a roku 1419 i jeho syna Václava IV. Za husitského období se kostel stal obětí drancování a roku 1420 byl klášter i s kostelem vypálen. Dnešní podobu získal při barokní přestavbě v letech 1640 až 1660 podle projektu Carla Luraga. Roku 1989 u nás řád Maltézských rytířů obnovil svoji činnost a kostel Panny Marie pod Řetězem je opět pod správou tohoto nejstaršího rytířského řádu na světě.
Kostel je bohatě barokně vybaven, vyniká především bohatá štuková výzdoba, sochy od J. J. Bendla, obrazy od K. Škréty a zajímavé jsou také ozdobné mříže ze 17. a 18. století. V kostelním štítě se nachází pozdně gotická dřevěná socha Madony. Překrásný hlavní oltář zaujme také obrazem Karla Škréty Obléhání Malty, který zobrazuje Pannu Marii žehnající maltézským rytířům v bitvě. Přímo před tímto obrazem byli vždy pasováni noví členové řádu. Pozornost návštěvníka dále přitahuje kazatelna či sochy světců v hlavní lodi. Dalšími skvosty představují obrazy s biblickými motivy, sochy osobností, které se významnou měrou zasloužily o rozvoj či přestavbu kostela a mnoho dalších. Zachovaly se i zbytky vzácných gotických maleb.
Zvláštní název kostela "pod řetězem" pochází od středověkého zvyku uzamykat ulice kolem konventu řetězy. Například blízká věž u tehdejšího Juditina mostu měla bránu se řetězem a také brána do klášterního zdejšího dvora se zamykala řetězem, který byl podle pověsti zlatý. Nejpravděpodobnější verze však souvisí se řetězem, který se natahoval z těchto míst Malé Strany přes Vltavu na Staré Město (z toho vznikl název ulice Řetězová), aby zabránil lodím, přijíždějícím do Prahy, proplout bez zaplacení cla.
Prohlídky interiéru kostela jsou možné pouze po domluvě (případně před mší), kostel je otevřen vždy asi hodinu přede mší svatou, které se konají v úterý od 17:30 a v neděli od 10:00 hodin a každý první pátek v měsíci od 17:30.