Kostel sv. Františka Serafinského se nachází v těsném sousedství piaristického kláštera a zámku. Roku 1643 byl věnován piaristům, kteří jej přestavěli v raně barokním stylu. V roce 1739 stavbu poškodil požár, poté byl kostel nově zařízen.
V místech starého bratrského sboru byl v letech 1590-1593 postaven místní vrchností renesanční bratrský kostel. Lipnickou vrchností byli tehdy Petr Vok z Rožmberka s manželkou Kateřinou z Ludanic. Bratrský kostel byl postaven v goticko-renesančním stylu. Kostel byl vybudován na půdorysu obdélníka s trojbokým presbytářem, sevřeným dvojicí věží. Z původní stavby se dochovala dispozice kostela včetně obvodových zdí kněžiště s opěrnými pilíři, později upravená klenba kněžiště a dvojice věží, z nichž severní je vyzdobena sloupkovými arkádami s balustrádou. Bylo to výjimečné dílo, protože bratrské kostely jinak obecně věže nemívaly. Druhá, jižní věž, nebyla dostavěna do zamýšlené výše.
Projektantem této významné budovy byl snad známý stavitel Baltassare Maggi z italského Arogna. Po necelých 100 letech byl kostel, v té době již zasvěcený sv. Františku Serafinskému, piaristy přestavěn ve stylu raného baroka. A to podle projektu vídeňského císařského architekta Giovanni Pietro Tencally, představitele raného baroka ve střední Evropě. Kostel má velmi dobrou akustiku a jsou v něm pořádány koncerty.
Uměleckým skvostem je monumentální vstupní brána s půlkruhovým záklenkem, který je vyplněn tepanou barokní mříží z roku 1757. Plastika nad bránou představuje zjevení sv. Terezie sv. Josefu Kalasánskému, zakladateli řádu piaristů. Její autorství je připisováno Františku O. Hirnlemu (B. Samek). Tato památka je přístupná pouze při církevních prohlídkách města.