Národní přírodní rezervace Karlštejn se nachází v Chráněné krajinné oblasti Český kras. Jedná se o členité území severně od Berounky mezi Berounem, Vráží, Mořinou, Karlštejnem a Srbskem.
Rozsáhlé lesnaté území je členěné údolími Loděnice, Budňanského a Bubovického potoka. V přirozených i lomových odkryvech se nacházejí světově proslulé paleozoické geologické profily a paleontologické lokality i krasové jevy.
Národní přírodní rezervace Karlštejn byla vyhlášeno roku 1955.
Vápencové podloží přeje bučinám, dubohabřinám, doubravám, jsou zde i kostřavové a pěchavové skalní stepi. V centru NPR Karlštejn se nachází
bezzásahové území Doutnáč, ve kterém jsou zastoupeny téměř všechny zdejší lesní typy.
V roce 2000 byl Národní přírodní rezervaci Karlštejn propůjčen
Evropský diplom pro chráněná území. Ten uděluje Rada Evropy chráněným územím, která splní přísné požadavky na přírodní hodnotu daného území i na zabezpečení ochrany přírody a vhodného způsobu správy. V roce 2020 bylo ocenění znovu potvrzeno.
V České republice je tímto diplomem oceněn ještě
Národní park Podyjí a
Chráněná krajinná oblast Bílé Karpaty.