Na konci června 2023 slavnostně otevřel pro veřejnost prezident Petr Pavel Knihovnu T. G. Masaryka, která sídlí v budově Masarykova ústavu a Archivu Akademie věd v Gabčíkově ulici v pražské Libni.
Knihovna postupně vznikala v rámci Ústavu T. G. Masaryka jako studijní filozofická knihovna pro odbornou veřejnost, do níž T. G. Masaryk v roce 1932 vložil jako základní kámen svou osobní sbírku knih čítající 70 000 svazků, přičemž se i nadále podílel na jejím dalším rozvoji. V roce Masarykova úmrtí dosáhl počet svazků čísla 107 239. Mnohé z knih jsou opatřeny Masarykovým podpisem, jeho šifrou Ψ, poznámkami v textu nebo komentáři na přídeští.
Více než dvacet let pracovníci knihovny usilovně shromažďovali knihy ať už prostřednictvím darů (E. Rádl, V. Škrach, J. Herben aj.) nebo nákupů. Knihovna se skládala z více než 300 vybraných oborů a podoborů, podle kterých byly svazky tříděny do polic. Mnohé exempláře jsou významné také dedikacemi osobností uměleckého a politického života, ex libris a vlastnickými a heraldickými razítky. Fond je tvořen především monografiemi, bohatě jsou zastoupena dobová periodika (2 600 titulů). Výjimečnou součástí knihovny je sbírka bibliofila R. Hirsche, zakoupená ústavem v roce 1939, čítající 70 000 svazků, z toho 11 500 starých tisků.
V době zrušení Ústavu T. G. Masaryka v roce 1954 byl evidován poslední přírůstek knihovny. Počet svazků se tehdy zastavil na čísle 204 611. Osudem knihovny bylo neustálé stěhování a přemisťování. Původně byla Masarykova knihovna umístěna na Pražském hradě a na zámku v Lánech. Po vzniku Ústavu T. G. Masaryka se spolu s ním v roce 1938 přesunula do vlastního domu v Bubenči. Když byly v roce 1941 ústavní sbírky zabaveny, byly knihy složeny ve sklepení univerzitní knihovny v Klementinu, část si jich přivlastnila knihovna říšského protektora a Pruská státní knihovna. Po obnovení ústavu se i jeho knihovna v roce 1948 přestěhovala do Kramářovy vily a nakonec v roce 1951 do bývalé budovy České spořitelny na Národní třídě, kde tehdy sídlila Česká akademie věd a umění. Na základě rozhodnutí politického sekretariátu ÚV KSČ zrušit Ústav T. G. Masaryka došlo v roce 1954 k dalšímu stěhování knihovny, který znamenal její likvidaci jako funkčního celku. Rozdělení knihovního fondu bylo nešetrné, nerespektovalo systém třídění, ani soubory edičních řad a titulů periodik. Osobní profesorská knihovna se spolu s archivem ocitla v Ústavu dějin KSČ, ostatní knihy v Základní knihovně ČSAV či v tehdejší Národní a univerzitní knihovně.
V roce 1990 byl Ústav T. G. Masaryka obnoven jako nadace (později obecně prospěšná společnost) a získal v restitucích zpět knihovnu a archiv. Ústav tehdy neměl k dispozici žádné finanční prostředky, budovu ani depozitáře, kam by znovuzískané fondy mohl uložit. Proto v roce 1995 převzal jejich správu nově vzniklý Masarykův ústav AV ČR (dále jen MSÚ AV ČR), v roce 2006 sloučený s Archivem AV ČR do nynějšího Masarykova ústavu a Archivu AV ČR. Po získání potřebných financí a odpovídajících depozitářů bylo možno převézt knihy z depozitářů Národní knihovny a Knihovny AV ČR. Celkový počet tehdy vrácených svazků se odhaduje na 160 000, což představuje 3 800 běžných metrů.
V roce 2016 byla knihovna soustředěna v nově adaptovaném depozitáři v Praze, v přímém sousedství budovy ústavu. Teprve tehdy se díky finanční podpoře vlády a Akademie věd ČR mohlo začít s kompletní katalogizací. Ke dni 15. 12. 2022 bylo zkatalogizováno celkem 157 400 svazků.