Budova muzea se řadí k nejkrásnějším novorenesančním stavbám v Praze. Nalézá se v sousedství Karlova mostu a náleží ke komplexu budov dřívějších Staroměstských mlýnů. Je odtud jedinečný pohled na řeku Vltavu a panorama Pražského hradu.
Muzeum Bedřicha Smetany sídlí na vltavském břehu v těsné blízkosti Karlova mostu v budově bývalé Staroměstské vodárny postavené v letech 1883–1884 podle plánů architekta Antonína Wiehla na místě, kde původně stávaly staroměstské mlýny. Její architektonickou kompozici ještě umocnila bohatá sgrafitová výzdoba podle návrhů českých malířů Josefa Ženíška a Mikoláše Alše a díky tomu patří budova Smetanova muzea k nejkrásnějším novorenesančním stavbám v Praze.
Muzeum Bedřicha Smetany bylo založeno v roce 1926 Sborem pro postavení pomníku Bedřichu Smetanovi v Praze (od roku 1931 Společnost Bedřicha Smetany). Od počátku své existence systematicky shromažďuje rozsáhlé sbírkové fondy dokumentující nejen život a dílo Bedřicha Smetany, ale i jeho dobu a osudy jeho děl doma i v cizině od 19. století do současnosti. Začátkem roku 2024 byla expozice revitalizována a doplněna o stanoviště s dotykovými obrazovkami. První z nich představuje historii expozic a památníků spjatých s osobností Bedřicha Smetany, především v Jabkenicích, druhá představuje jeho dobu v kontextu světových dějin a evropské hudby. Především nejmenším návštěvníkům je určen herní kiosek s interaktivním obsahem, který prezentuje muzejní sbírky netradiční zábavnou formou.
Sbírky muzea byly zpočátku uloženy v Ústavu pro hudební vědu Karlovy univerzity, neboť budovu, v níž sídlí dodnes, získalo až v roce 1935. Veřejnosti bylo Smetanovo muzeum zpřístupněno 12. května 1936 slavnostním otevřením stálé expozice za přítomnosti tehdejšího československého prezidenta dr. Edvarda Beneše.