Svatojakubské varhany pocházejí z počátku 18. století, ve 20. století byly přestavěny. Nástroj kombinuje barokní charakter s prvky romantického zvukového ideálu. S 91 rejstříky a 8277 píšťalami jsou to největší varhany v Praze .
Monumentální čtyřmanuálové varhany z roku 1705 v
bazilice sv. Jakuba Většího vynikají výbornou akustikou.
Původní varhanní skříň z roku 1705 je dílem známého českého varhanáře Abrahama Starka z Lokte.
Během staletí prodělaly varhany mnohé změny. V roce 1754 dochází k první přestavbě, kterou provedl kralický varhanář František Katzer.
V roce 1906 upravuje varhany pražská varhanářská firma Josef Černý a Josef Rejna. Další zásah proběhl v roce 1941. Podle návrhu Bedřicha Antonína Wiedermanna byly varhany přizpůsobeny pro moderní kompozice. Poslední rozsáhlou přestavbu provedl v letech 1981-82 závod Varhany Krnov. V nové rejstříkové dispozici byly obnoveny všechny původní Starkovy hlasy, z větší části i s původními píšťalami a ponechány i četné zajímavé romantické barvy.
Současný nástroj má 4 manuály, 91 znějících rejstříků a
8 277 píšťal.Poslední oprava varhan skončila v létě 2011.
Jde o největší varhany v Praze a druhé největší v Česku.