Jan Jindřich byl podobně jako o šest let starší
Karel IV. v dětství odloučen od matky a odeslán na výchovu do Tyrol. V osmi letech ho oženili s o čtyři roky starší
Markétou Tyrolskou, jedinou dědičkou vévody Jindřicha Korutanského. Ta Jana Jindřicha po jedenácti letech manželství obvinila z
impotence a vyhnala. Rozvod se táhl až do roku 1349, tedy stejného roku, kdy
Karel IV. svěřil do jeho rukou Markrabství moravské.
Jan Jindřich se vzápětí oženil podruhé: jeho ženou stala
Markéta Opavská (1325/1330–1363), dcera
Mikuláše II. Opavského a pravnučka
krále Přemysla Otakara II. Jako sídelní město si manželé vybrali
Brno, které se v péči
Moravských Lucemburků záhy stalo významným hospodářským, politickým i správním centrem Moravy. Tam přišel na svět jejich prvorozený syn
Jošt Moravský (1351–1411), později k němu přibyli ještě dva synové a tři dcery. Když Jan Jindřich ovdověl, oženil se ještě dvakrát, a to s
Markétou Rakouskou a
Alžbětou Oettingenskou, další děti ale už neměl.
Moravský markrabě Jan Jindřich stál celý život věrně po boku svého bratra. Jejich přátelské vztahy ovlivnily jak významnou pozici Českého království ve druhé polovině 14. století, tak podobu středověkého
Brna. Jan Jindřich zahájil proměnu strážního hradu
Špilberku v reprezentační sídlo moravských markrabat a založil
augustiniánský klášter s kostelem sv. Tomáše, který se stal místem posledního odpočinku Moravských Lucemburků. V dnešním Králově Poli založil
kartuziánský klášter s kostelem Nejsvětější Trojice, nechal také přestavět a rozšířit
hrad Veveří, a do
gotické kaple Matky Boží, která stojí kousek od hradu, pořídil
obraz Madony z Veveří, jeden z nejproslulejších mariánských obrazů na Moravě a v českých zemích. V kapli je vystavena kopie, originál je umístěn v
Diecézním muzeu v Brně.
Šťastná doba míru a stability pro Moravu skončila záhy po smrti Jana Jindřicha: jeho tři synové
Jošt, Prokop a
Jan Soběslav rozpoutali dlouhé období krvavých sporů a válek o dědictví a moc. Naplněním ambicí nejstaršího Jošta coby ctižádostivého politika byla volba za římského krále v říjnu 1410, krátce před korunovací v lednu 1411 ovšem za nevyjasněných okolností zemřel. Sláva Moravských Lucemburků tak záhy skončila a titul markraběte moravského se opět vrátil zpět do rukou českých králů.