Pražskou univerzitu založil
český a římský král Karel IV. listinou ze
7. dubna 1348 jako první z vysokých učení (studií generale) na sever od Alp a na východ od Paříže. Roku 1383 byla také dokončena velkorysá budova nejstarší univerzitní koleje ve střední Evropě, tzv.
Karolinum.
Univerzita Karlova náleží k starým evropským univerzitám. Řídila se vzorem univerzit v Bologni a v Paříži a v krátkém čase
dosáhla mezinárodního věhlasu. Měla čtyři fakulty: teologickou, svobodných umění, právnickou a medicínskou. Členy její akademické obce byli nejen
domácí, ale i mnozí
cizí učitelé a studenti, zejména ze středoevropských oblastí, pro něž se stala
Praha dostupnou a erudovanou školou studií generale.
Karlův syn a nástupce
Václav IV. rozšířil svůj vliv na univerzitu a
Kutnohorským dekretem v roce 1409 posílil rovněž
postavení domácích členů akademické obce. Protestním odchodem části magistrů a scholarů z pražského učení se zvýraznila teritoriální povaha pražského generálního studia. Krátce nato se proměnila pražská univerzita působením husitského reformního hnutí, předcházejícího evropskou reformaci. Silný vliv tu získal její rektor
Mistr Jan Hus. V dějinách pražské univerzity nelze přehlédnout
dobu vlády Rudolfa II., jenž ze svého sídelního města vytvořil metropoli kulturní, kde se vedle dvorského centra (s učenci Johannesem Keplerem nebo
Tychonem Brahe) rozvíjela vzdělanost univerzitní.
Karlo-Ferdinandova univerzita
Počátkem 17. století se univerzita dostala pod silný politický vliv zemských stavů, zapojených do protihabsburské opozice. Vítězný
římský císař a český král Ferdinand III. v roce
1654 spojil
Karolinské učení s jezuitskou univerzitou v
Klementinu (jejíž počátky sahají do roku 1556) v univerzitu s novým názvem Karlo-Ferdinandova univerzita (název se udržel do roku 1918). Ta
obnovila všechny čtyři fakulty, které měla před husitstvím, a vyvíjela se z někdejší svobodné korporace vzdělanců ve státní vzdělávací instituci. Tento proces završily v osmdesátých letech 18. století reformy
absolutistického režimu císaře Josefa II.
V časech vrcholného nacionálního politického hnutí byla pražská
Karlo-Ferdinandova univerzita rozdělena v roce
1882 na dvě:
českou a německou. Na přelomu 19. a 20. století dosáhly obě univerzity vysoké vědecké úrovně. Na německé působil např. profesor
Albert Einstein. Na české univerzitě vynikly osobnosti, které měly významnou úlohu ve státněpolitickém emancipačním procesu, na prvním místě profesor
Tomáš G. Masaryk, který se stal
prvním prezidentem samostatné Československé republiky v roce
1918.
Univerzita v nacismu i komunismu
Velké neštěstí a ztráty znamenala okupace českých zemí hitlerovským Německem. Po studentských demonstracích 28. října 1939 a při pohřbu medika Jana Opletala byly české vysoké školy 17. listopadu 1939 uzavřeny, následovala perzekuce studentů i učitelů univerzity. Univerzita Karlova mohla opět zahájit činnost až po skončení druhé světové války. Německá univerzita v Praze, která se v roce 1939 připojila k svazku univerzit říšských, zanikla s koncem nacistické říše.
Komunistický režim od roku 1948 na dlouhou dobu podřídil ideologicky a politicky výuku i bádání kontrole, zasaženy byly i mezinárodní styky a impulzy vědy. Studenti, věrni tradici svých svobodných zásad, vystoupili v demonstraci 17. listopadu 1989 proti totalitnímu systému a dali podnět k odstranění režimu.
Universitas Carolina Pragensis působí bez přerušení dodnes, kdy má 17 fakult a na 50 000 studentů.