V roce 1621 získal
Jan Oldřich z Eggenberku od
císaře Ferdinanda II. jako úhradu dluhu panství
Prachatice, o rok později
Český Krumlov a
Netolice, v roce 1623 pak přikoupil
Zvíkov a
Orlík, a později i
Vimperk. Tím vznikl základ rozsáhlého
jihočeského eggenberského panství. Od roku 1625 Eggenberkové razili vlastní mince a v roce 1628 císař povýšil jejich krumlovské panství na
knížectví s vévodským titulem; v Českém království se podobného vyznamenání dočkali jen
Albrecht z Valdštejna a
Zdeněk Vojtěch Popel z Lobkovic. Když se o deset let později syn Jana Oldřicha
Jan Antonín I. z Eggenberku (1610–1649) coby císařský vyslanec účastnil diplomatické cesty do Vatikánu k papeži Urbanovi VIII., nechal si vyrobit honosný zlatý kočár. Ten je dnes vystaven na
zámku Český Krumlov v
Eggenberském sálu. Kočár byl zhotoven z ořechového dřeva a pokrytý plátky pravého zlata, železné části konstrukce byly potaženy zlaceným stříbrem, čalounění bylo provedeno černým sametem se zlatými výšivkami.
Za
Jana Kristiána I. z Eggenberku (1641–1710) byla zahájena první barokní přestavba
krumlovského zámku. Společně s manželkou
Marií Ernestinou (1649–1719), pocházející z
rodu Schwarzenbergů, také v
Českém Krumlově založili první
barokní divadlo,
francouzskou zahradu a
stálou zámeckou kapelu, do města zvali významné malíře a architekty, rozšiřovali
obrazové sbírky a
zámeckou knihovnu. Po nečekaném vymření všech mužských potomků rodu přešly eggenberské majetky právě na Marii Ernestinu, která je odkázala svému synovci
Adamovi Františkovi ze Schwarzenbergu. Pod správou
rodu Schwarzenberků pak Český Krumlov zůstal až do doby po druhé světové válce.